பதினாறாம் நூற்றாண்டில் போர்த்துக்கேயர் ஆட்சியின் போதுதான் இலங்கையில் அந்தோனியார் வழிபாடு ஆரம்பிக்கப்பட்டது. 1597இல் கோட்டை இராச்சியத்தையும் 1618இல் யாழ்ப்பாணத்தையும் போர்த்துக்கேயர் கைப்பற்றிய பின்னர், இந்தப் பகுதிகளில் குறிப்பாக, அந்தோனியார் தேவாலயங்களைக் கட்டத் தொடங்கினார்கள். புனித அந்தோனியார் பாதுவாவில் தனது இறுதிக் காலத்தைக் கழித்திருந்தாலும் அவர் போர்த்துக்கலின் லிஸ்பன் நகரத்தை பிறப்பிடமாகக் கொண்டவர். எனவே, போர்த்துகேயர் கைப்பற்றிய நாடுகளில் புனித அந்தோனியார் வழிபாடு பிரசித்தம் பெற்றிருந்தது.
போர்த்துகேயரிடம் இருந்து இலங்கையை ஒல்லாந்தர் கைப்பற்றிய பின்னர், கத்தோலிக்க மதத்தை தடை செய்திருந்தார்கள். கத்தோலிக்கர்களின் பிரதான வழிபாடான அந்தோனியார் தேவாலயங்களையும் தடை செய்திருந்தார்கள். ஒல்லாந்தர்கள் (டச்சு) புரட்டஸ்தாந்து மதத்தைச் சேர்ந்தவர்கள் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
கத்தோலிக்க குருமாரது தலைகளை கண்ட இடத்தில் கொய்துவர சிப்பாய்களுக்கு அரசு உத்தரவிட்டிருந்தது. குருமார் வெளிப்படையாக திருத்தொண்டாற்ற இயலாத நிலை காணப்பட்டது. கத்தோலிக்க மக்கள் தமது பிறப்பு, திருமணம், இறப்பு போன்றவற்றுக்குக் கூட குருமார் இன்றி அவதியுற்றனர்.
இக்காலத்தில்தான், கொச்சினியிலிருந்து அந்தோணி என்ற கத்தோலிக்க குரு முன்வந்து கொழும்பை வந்தடைந்தார். துன்புறுத்தல்கள் காரணமாக அவரால் குருவானவராக செயற்ல்பட முடியவில்லை. அதனால், வியாபாரி போல் மாறுவேடமிட்டு, பகலில் (இன்றைய மாலிபன் தெரு) கடையில் மீன் விற்றார். இரவில் அவர், கத்தோலிக்கர்களை அடையாளம் கண்டு பூசைகளை செய்தார். ஒரு வருடம் கழிந்தது.
இரகசிய கத்தோலிக்க பூசை நிகழ்வதை அறிந்த டச்சுக்காரர்கள், அந்தோணியைத் தேடினர். மீனவ சமூகத்தினர் அதிகமாக வாழ்ந்த முஹுதுபொடவத்தை (இன்றைய கொச்சிக்கடை) என்ற பகுதியை அவர், கடந்து சென்று கொண்டிருந்தார். இந்த நேரத்தில், கடல் அரிப்பு கடற்கரையை தாக்கி, மீனவர்களின் இருப்பிடங்களை சேதப்படுத்தியது.
அந்தோணியை வழியில் சந்தித்த மீனவர்கள், கடல் அரிப்பைத் தடுக்க பிரார்த்தனைகளை வழங்குமாறு கோரினார்கள். அந்தோணி அதை செய்துவிட்டால் டச்சு வீரர்களிடமிருந்து பாதுகாப்பு அளிப்பதாகவும் அவர்கள் உறுதியளித்தனர்.
பின்னர், அந்தோணி மணலில் ஒரு சிலுவையை நட்டு, மண்டியிட்டு மூன்று நாள்களாக உண்ணா நோன்பிருந்து பிரார்த்தனை செய்தார். அவர் பிரார்த்தனை செய்து கொண்டிருந்தபோது, கடல் பின்வாங்கத் தொடங்கி, அரிப்பைத் தடுக்கும் மணல் அணை உருவாகியது. டச்சு வீரர்களும் இதைக் கண்டு பின்வாங்க வேண்டியிருந்தது. இந்த இடம்தான் இன்றைய கொச்சிக்கடை அந்தோனியார் தேவாலயம் அமைந்திருக்கும் இடம்.
டச்சு ஆளுநர் வில்லெம் மௌரிட்ஸ் ப்ரூய்னின்க் அந்தோணியின் பிரார்த்தனையின் சக்தியை அறிந்தார். அந்த அதிசயம் நிகழ்ந்த நிலத்தை அந்தோணிக்கு வழங்கினார். தனது நன்றியை வெளிக்காட்டுமுகமாகவும் புனித அந்தோணியாருக்கு அர்ப்பணிக்கும் முகமாகவும், சிலுவையை நாட்டிய இடத்தில் சிறிய தேவாலயத்தை அமைத்தார் அந்தோணி. அந்த சிலுவை நட்டிய இடத்தில் தான், பலர் வரிசையாக சென்று வழிபடும் ‘புதுமைச் சுருவம்’ வைக்கப்பட்டிருக்கிறது.
அந்தோணி முதலில் அந்த நிலத்தில் ஒரு சிறு கடையை ஆரம்பித்தார். கொச்சியில் இருந்து வந்தவரின் கடை என்பதால், ‘கொச்சியாகே கடே’ காலப்போக்கில் ‘கொச்சிக்கடை’ என்று நிலை பெற்றது.
இந்த நிலம் அதிகாரப்பூர்வமாக டச்சு கிழக்கிந்திய கம்பனியால் ஜனவரி 20, 1790 அன்று, பத்திரம் இல 31 இன் மூலம் தேவாலயத்துக்கு ஒப்படைக்கப்பட்டது. பின்னர் அந்தோணி இறந்தபோது, அவரின் உடலும் இந்தத் தேவாலயத்தில் தான் அடக்கம் செய்யப்பட்டது.
தற்போது தேவாலயத்தில் மீண்டும் வைக்கப்பட்டுள்ள புனித அந்தோனியாரின் புனிதச் சிலை, 1822 ஆம் ஆண்டு கோவாவில் இருந்து கொண்டு வரப்பட்டதாகும். 1806 ஆம் ஆண்டு அடித்தளம் இடப்பட்டு, 1834ஆம் ஆண்டு புதிய தேவாலயம் கட்டும் பணி தொடங்கப்பட்டது. அந்த ஆண்டைத்தான் ஆலயத்தின் தொடக்க நாளாக இன்றுவரை கணிக்கப்பட்டுவருகிறது. 1934இல் நூற்றாண்டு கொண்டாடப்பட்டது. 1938 ஆம் ஆண்டு பெரிய ஆலயமாக பெருப்பிக்கப்பட்டது. பாதுவா நகரிலிருந்து கொண்டுவரப்பட்ட புனித அந்தோனியாரின் நாக்கின் ஒரு சிறிய பகுதி இங்கே விசேடமாக வைத்து பாதுகாக்கப்பட்டு வருகிறது.
கொழும்பில் அதிகளவிலானோர் கலந்து கொள்ளும் கிறிஸ்தவ திருவிழா அந்தோனியார் திருவிழா தான். பல தடவைகள் சன நெருக்கடியால் விபத்துக்கள் நேர்ந்திருக்கின்றன. அந்தளவுக்கு கொச்சிக்கடை, கொட்டாஞ்சேனை ஜிந்துப்பிட்டி, விவேகானந்தா மேடு, செட்டியார் தெரு என தேவாலயத்தின் சுற்றுவட்டாரப் பகுதியெங்கும் திருவிழாக்கோலம் பூண்டு, எங்கெங்கும் விளக்கொளியில் கொண்டாட்டமாகக் காட்சித் தரும். இந்து, பௌத்த, முஸ்லிம் மக்களும் கூட ஒன்றாக கூடிக் கொண்டாடும் நிகழ்வு இது.